Seit 1999 benutzt der Ibn Rushd Fund ein basisdemokratisches Verfahren für die Ermittlung des Preisträgers des Ibn Rushd Preises für Freies Denken:
Anfang jedes Jahres wählen die Mitglieder des Ibn Rushd Funds aus einer Liste von Themen die vom Vorstand und Beirat vorgelegt wird das Thema des Jahres für den Ibn Rushd Preis.Nach der öffentlichen Bekanntgabe des Preisthemas im Frühjahr kann jeder und jede Interessierte eine/n Kandidatin oder Kandidaten nominieren.Zwischenzeitlich wählt der Verein eine unabhängige und ehrenamtlich arbeitende Jury, bestehend aus Experten zum jeweiligen Thema.Die 4-5 Köpfige Jury aus unterschiedlichen arabischen Ländern und mit möglichst nicht weniger als 2 FrauenDas Wahlergebnis und somit der/die Preisträger/In ergibt sich durch die Summe der Punktzahl der von der Jury angegebenen Prioritäten. Ende des Jahres wird der Preis feierlich in Berlin übergeben und der Preisträger/In geehrt.