منذ عام 1999 اعتمدت مؤسسة ابن رشد عمليةً مرتكزةً على ديمقراطية جذريةٍ، لتحديد الفائز/ة بجائزة ابن رشد:
في بداية كل عامٍّ، يختار أعضاء مؤسسة ابن رشد موضوعًا للجائزة من بين عدة مواضيع يضعها أعضاء إدارة المؤسسة ومستشاروها.
بعد الإعلان الرسمي عن موضوع الجائزة في فصل الربيع، يستطيع أي إنسانٍ مهتمٍّ أن يسمي مرشحًا للجائزة.
في هذه الأثناء، تختار المؤسسة هيئة تحكيمٍ مستقلةً ومتطوِّعةً ومؤلفةً من الخبرات المناسبة لموضوع الجائزة.
ينبغي لأعضاء هيئة التحكيم الأربعة أو الخمسة أن يكونوا من بلادٍ عربيةٍ مختلفةٍ، كما ينبغي أن تضم الهيئة امرأتين على الأقل.
يتم تحديد النتيجة والفائز/ة بالجائزة من خلال مجموع النقاط الممنوحة لكلٍّ من الفئات المحدَّدة من قبل هيئة التحكيم.